TramaNella florida metropoli di Zanarkand un giovane campione di blitzball, di nome Tidus, entra in contatto con Sin, un'entità malvagia, e si ritrova mille anni nel futuro nell'apparentemente quieto mondo di Spira.
Qui, dopo lo spaesamento iniziale, fa la conoscenza di nuovi amici: Wakka, capo di una fallita squadra di blitzball (lo sport nazionale), Lulu, zelante maga nera, Kimahri, membro della razza Ronso e ripudiato dai propri simili, Rikku, di razza Albhed e cugina di Yuna, e Auron sua vecchia conoscenza in quanto amico del padre, scomparso molti anni prima. Si tratta di cinque guardiani, guardiani dell'invocatrice del posto. Spira è infatti condannata alla sofferenza eterna da un'entità malvagia, denominata Sin, che compare periodicamente per seminare morte e distruzione; solo l'invocazione suprema può placare la sua ira ed è richiamabile dagli invocatori al termine di un lungo e faticoso pellegrinaggio durante il quale vengono supportati e aiutati dai guardiani e dalle invocazioni minori. L'invocazione suprema prevede il sacrificio dell'invocatore che la esegue. La sconfitta di Sin dà inizio ad un periodo di calma e felicità denominato "Bonacciale" che dura 10 anni, nei quali Sin non comparirà.
Yuna come invocatrice di Besaid, la località in cui si ritrova Tidus, ha appunto il compito di portare a termine il pellegrinaggio e liberare Spira dal male.
Secondo la religione Yevonita (unica religione di Spira), Sin è la punizione che il Dio Yu Yevon ha inflitto all'umanità per aver creato le macchine: apparecchiature in grado di svolgere il lavoro degli umani dando loro il tempo per oziare. La razza Albhed è l'unica ad usare macchine su Spira, ed è infatti malvista da tutte le altre popolazioni.
Tidus si unirà quindi al gruppo composto da invocatrice e guardiani col duplice compito di aiutare Spira a liberarsi da Sin e di scoprire un modo per tornare al proprio tempo.
Il viaggio fa nascere l'amore fra Tidus e Yuna, ma entrambi sanno che è un amore destinato a finire col sacrificio di Yuna. Tidus non si dà per vinto e cerca in tutti i modi di sconfiggere Sin senza l'aiuto dell'Invocazione Suprema.